制作醫學動畫，除了要進行普通的三維動畫流程外，還需要由該項目對應分科的醫學指導或者醫學編輯、翻譯人員，對三維設計人員進行醫學知識培訓。待三維設計人員徹底明白原理以后，再進行必要的三維過程。而醫學指導人員則一跟到底，直到項目完成。這是制作醫學動畫的特殊之處。設計師在這個虛擬的三維世界中按照要表現的對象建立模型以及場景，將人體內部從宏觀的器官模型，到微觀的分子結構，給予直觀的展示。
而醫學動畫師們需要通過建模、材質、燈光、綁定、流體、粒子動畫、攝影機控制、渲染、合成，最終才會呈現出精美、便于理解的醫學動畫作品。
醫學動畫是一件將藝術美學與醫學的嚴謹緊密結合的作品，一方面從技術上說要實現動畫的創意要求和專業性。另一方面則需要在色調、構圖、鏡頭設計等方面進行再創造和加工。最終才會呈現出優秀的作品。
